В настоящее время музей истории Москвы уже освободил здание храма святого апостола Иоанна Богослова, расположенного на Новой площади, 12. Данное здание было передано Российскому православному университету.
В зданиях храмового комплекса в 1934-2011 годах располагались администрация, экспозиция, несколько выставочных и служебных помещений, фондохранилища.
В 1992 году правительство Москвы передало храм Русской православной церкви в использование на безвозмездных условиях, но еще 19 лет музей не освобождал зданий. Преподаватели, а также студенты православного университета Российской Федерации много раз обращались к правительству для того, чтобы данный вопрос был решен. В прошлом 2011 году мэр Сергей Собянин заявил, что музей должен располагаться на Зубовском бульваре, в Провиантских магазинах.
Во второй половине 2011 года в несколько этапов музей переезжал из храмового комплекса. Вначале были вывезены все коллекции, которые находились в верхнем и нижнем храмах. После этого были освобождены другие здания, которые входили в комплекс.
В мае 2011 года правительство Москвы сообщило, что храм Иоанна Богослова необходимо отреставрировать. За шесть месяцев удалось провести реставрационные работы фасада и кровли, полностью восстановить купол.
Теперь университетская община будет проводить восстановительные работы верхнего храма. Планируется, что реставрация будет полностью закончена в 2013-2014 годах.
